SDTM变量角色(ROLE)初级

SDTM变量角色(ROLE)初级,第1张

1)SDTM的变量分为如下几类:

标识符 (Identifier)变量:例如,用来标识研究本身、参与研究的受试者、域名以及记录序号等

主题 (Topic)变量:指明观测记录的主要目的(例如,某一实验室检测的名称)

时间 (Timing)变量:描述观测记录的时间(例如,开始时间和结束时间)

修饰语 (Qualifier)变量:包括用来进一步描述结果的说明性文字或者数值,或观测记录的更多特征(例如,单位或描述性形容词)

规则 (Rule)变量:在试验设计模型里,表达一种算法或可执行的方法,来定义其开始或结束,分流或循环等条件

2)其中修饰语变量可以分为:

分组修饰语 (Grouping Qualifiers) :对 同一域 中的数据分组。例如:--CAT 和 –SCAT

结果修饰语 (Result Qualifiers) :在 发现类 数据集中,用来描述与 主题变量相关 的特定的结果。它们回答了主题变量(Topic Variable)所要表达的问题。例如:ORRES,--STRESC和 –STRESN

同义词修饰语 (Synonym Qualifiers) :指定了观测记录中某一特定变量的其他可用名称。例如:--MODIFY和--DECOD是主题变量--TRT或--TERM的同义词修饰语,--TEST和--LOINC则是–TESTCD的同义词修饰语

记录修饰语 (Record Qualifiers) :从记录水平(而不是变量水平)定义某一观测的附加属性。例如:--REASND,--AESLIFE以及不良事件域(AE)中所有其他严重不良事件(SAE)的标识变量;人口统计学域(DM)中的AGE,SEX和RACE变量;发现类域中的--BLFL,- -POS,--LOC,--SPEC和–NAM

变量修饰语 (Variable Qualifiers):用来进一步修饰和描述某一观测的特定变量,只能结合它所修饰的变量使用才有意义。例如:--ORRESU,--ORNRHI和--ORNRLO都是--ORRES的变量修饰语; --DOSU是–DOSE的变量修饰语。 例如,对“受试者101在研究的第六天开始出现轻度恶心症状”这一观测记录,其主题变量值是不良事件术语“恶心”。标识符变量则是该受试者编号“101”。时间变量值是该不良事件出现时研究已开始的天数,“开始于研究第6天”。该事件严重程度可视为记录修饰语的示例,其值为“轻度”,其他时间和修饰变量可视情况加入,以提供必要的细节来对观测记录进行充分的描述。

标识符变量如 STUDYID,DOMAIN,USUBJID 各个域当中都是通用的且是req的,换句话说任何域(除了试验设计类)都包含这三个变量,且不能为空。需要注意的是类似于-LNKID,-LNKGRP,-GRPID 都是标识符变量,而同样是用于分类的-CAT,-SCAT则是修饰语。因为标识符变量的主要意义在于跨域的连接,故而标识符变量实际上首先是以连接键的身份存在的。

主题变量就目前的版本来看,每个数据集 只有一个 。且主题变量一定是req的,换句话说主题变量是 必须存在 的,且 不能为空 。

不同类型的主题变量命名有区别,对于特殊目的域来说需要分开讨论:

  DM:SUBJID

  SE:ETCD

  SV:VISITNUM

  SM:MIDS

  CO:COVAL

  对于干预类数据集来说,主题变量为-TRT。

  对于事件类数据集来说,主题变量为-TERM。

  对于发现类数据集来说,主题变量为-TESTCD。

这里需要提到的是,就 33 版IG来说,所有的 同义词修饰语 (Synonym Qualifiers)都是用来修饰主题变量的。 当然这是有例外的 :

第一 是 ISCAT,在 33 版IG中他是同义词修饰语,可毫无疑问这个变量不是修饰主题变量。然而-CAT这种变量,在其他所有的域当中都属于分组修饰语(Grouping Qualifiers) ,所以怀疑这是编辑错误。

第二 是同义词修饰语  ARM ,他是修饰 ARMCD 的。ARMCD 在DM中是一个记录修饰语,而非主题变量。但实际上在TA当中 ARMCD 是主题变量。这种情况还有很多,但我觉得这种例外不应该作为“例外”来看待。

在我看来 真正的例外 其实只有一个,就是DM里的 INVNAM 他是用来修饰 INVID (记录修饰语)的。

时间变量共有大概几类,总结起来是下面几个系列

1、DTC系列:—DTC,—STDTC,—ENDTC

2、DY系列:—DY,—STDY,—ENDY,—DUR

3、—TPTREF,—RFTDTC

4、TPT系列:—TPT,—TPTNUM,—ELTM,—STTPT,—ENTPT

5、RFTPT系列:—ENRTPT,—STRTPT,—TPTREF

6、RF系列:—ENRF,—STRF

7、VISIT系列:VISIT,VISITNUM,VISITDY

8、ELEMENT系列:EPOCH,TAETORD

修饰语是用来“修饰”的,换句话说他必须有修饰的对象。针对5种修饰语的修饰对象,可以分为三个级别,多观测级,观测级,变量级:

1、修饰若干观测的修饰语(多观测级):

        指的是 分组修饰语 (Grouping Qualifiers) ,这类变量描述的是若干观测的共同属性,从而达到分类的目的。有时候可以把同属性的类别分成多个数据集。

2、修饰单个观测的修饰语(观测级):

        指的是 记录修饰语 (Record Qualifiers)  ,这类变量描述的是单个观测的属性。

3、 专门 修饰主题变量的修饰语(变量级):

        指的是 结果修饰语 (Result Qualifiers) 还有 同义词修饰语 (Synonym Qualifiers)  ,结果修饰语如其定义是为了回应 发现类主题变量 的问题,同义词修饰语在第三部分讲主题变量时已经解释过了,这里不再赘述。

4、修饰一般变量的修饰语(变量级)

        指的是 变量修饰语 (Variable Qualifiers) ,变量修饰语可以修饰某个变量,包括记录修饰语,结果修饰语。需要注意的是,变量修饰语 也修饰 主题变量,例如:-PRESP ,用于描述主题变量是否可以从CRF上获取(换句话说这些信息是否为事先确定的)。另外在AE中描述编码的变量就是变量修饰语,该变量可能修饰的是主题变量 -TERM,不过也可能是修饰 -TERM 的其他“同义词修饰语”。

一般来说各类变量在每个域当中的排序为:

  1、标识符

  2、主题 (同义词修饰语,结果修饰语,变量修饰语跟在后面)

  3、分组修饰语

  4、记录修饰语(变量修饰语跟在后面)

  5、时间

SDTM变量角色(ROLE)进阶之时间变量

SDTM变量角色(ROLE)进阶之修饰语

假设你的点坐标已如下格式

1000,2000

1001,3002

3000,6000

存到D盘的PDATATXT文件里,要插入的块也放在D盘如BLOCKDWG

可加载下列代码文件:

(defun

c:pin()

(setq

osm

(getvar

"osmode"))

(setvar

"osmode"

0)

(setq

lid

(open

"d:\\pdatatxt"

"r"))

(while

(setq

lind

(read-line

lid))

(setq

at

(pofs

lind

","))

(setq

y1

(atof

(substr

lind

(+

1

at))))

(setq

x1

(atof

(substr

lind

1

(-

at

1))))

(setq

p1

(list

x1

y1))

(command

"-insert"

"d:\\blockdwg"

p1

1

1

"0")

)

(

close

lid)

(setvar

"osmode"

osm)

(princ)

)

(DEFUN

PofS(Soutxt

subtxt

/

kk

TLEN

TPTXT

tnb

as)

(SETQ

TLEN

(STRLEN

Soutxt))

(SETQ

kk

1)

(SETQ

as

nil)

(SETQ

stn

(ascii

subtxt))

(WHILE

(<=

kk

TLEN)

(SETQ

TPTXT

(SUBSTR

Soutxt

kk

1))

(SETQ

tnb

(ascii

TPTXT))

(if

(=

stn

tnb)

(setq

as

kk))

(SETQ

kk

(+

1

kk))

)

(setq

as

as)

)

AE = Adverse Events,不良事件

不良事件可以简单理解为受试者发生的任何医学事件,不一定与试验用药有关系。

AETERM

AEBODSYS/AEBODSYSCD

AEDECOD/AEPTCD

AESOC/AESOCCD

AEHLGT/AEHLGTCD

AEHLT/AEHLTCD

AELLT/AELLTCD

AETERM是EDC收集的不良事件名称,那么在实际记录过程中,对于同样的不良事件,却可能有着不同的AETERM,所以使用MedDRA编码很有必要,在后续分析过程中,也是主要采用的编码后的AEBODSYS/AEDECOD进行不良事件的分析。

AESTDTC/AEENDTC/AEDUR

AE的开始结束日期时间,这类--DTC的变量都需要采用ISO8601的格式,在后续分析中判断TEAE时需要关注这两个变量,特别是AESTDTC,如果刚好和试验用药同一天,最好可以收集 Time,方便与试验用药的 Time 进行比较。

AEDUR是收集的AE发生的时间区间,并不是由开始结束日期时间衍生的,那么--DUR的这个规则也是适用于其他Domain的。

AEOUT

AE的转归,考虑到受试者权益的最大化,对不良事件的随访需要随访至事件达到改善稳定的结果。值参考Termnilogy即可。

AEREL

相关性,比较常见的是5种分类,肯定有关,可能有关,无法判断,可能无关,肯定无关。相关性的收集尽量不要缺失,后续分析种如果相关性缺失,会采取科学严谨的原则,以“相关”进行填补。

AESEV/AETOXGR

严重程度分为轻度,中度,重度

毒性等级分为1级,2级,3级,4级,5级

一般只会选择其中一个用于试验,这两个变量的收集同样尽量不要缺失,否则也会以更严谨的原则进行填补。

AESER

AESDTH/AESLIFE/AESHOSP/AESCONG/AESDISAB/AESMIE

严重不良事件,那么严重不良事件和重度的不良事件是完全不同的,SAE是有定义的,那么就按照定义来判断是否属于上面的哪一种SAE。而重度体现的是程度,可能SAE但是严重程度却是轻度。比如在国内医疗体制,为了报销的问题,选择住院进行治疗,但其实是无关紧要的小疾病,那么这条AE是SAE但是轻度的AE。SAE与肯定相关的AE也是完全不同的,比如受试者发生车祸意外身亡,那么这条AE是SAE但与用药无关(当然了精神类试验药物,也可能是有关的)。

AESPID/AEGRPID

说到AE的编号,首先提一下AE的记录规则,一般提倡AE发生了任何变化,比如相关性改变,严重程度改变,采取的措施改变,转归改变等等,就需要重新记录一条AE。那么在分析的时候,需要对AE发生的例次进行汇总。那么对于这样的连续的几条AE在汇总例次的时候应该计为1次。这个时候AE编号的运用显得尤为重要,将多条连续的AE的标记为一个GROUP,方便后续的分析。

AEPRESP

用于标记医学特别关注的不良事件,比如在前期探索性试验中发现了某些AE发生频率较高,会对这些感兴趣的AE提前标记在CRF中。

AEENRF

AEENRTPT/AEENTPT

这两组变量用于表示当AEENDTC缺失时,AE结束的大致区间。前者是和reference start date and reference end date作比较进行衍生,后者是两个变量配套使用的。

那这两组变量都是可以的,但是更推荐使用--ENRTPT/--ENTPT。因为前者是要求和RFSTDTC/RFENDTC作比较,那么对于未接受试验用药的受试者而言,无法衍生--STRF/--ENRF,索性都采取第二组变量更方便实用。

AETRTEM

这个变量大家可能会觉得奇怪,因为它不是SDTM IG中要求的变量,最终会被放到SUPPAE中,但不同的是,该变量是FDA validator rules中要求 "A treatment-emergent flag must be submitted",看到这段英文就知道,其实就是TEAE的flag

enterprise

[5entEpraiz]

n

企业, 事业, 计划, 事业心, 进取心, 干事业

enterprise

enterprise

AHD:[µn“t…r-prºz”]

DJ[6ent7praiz]

KK[6Wnt+7pra!z]

n(名词)

An undertaking, especially one of some scope, complication, and risk

事业:一项事业,尤其指一项雄心勃勃、复杂、且具危险性的事业

A business organization

企业:商业机构

Industrious, systematic activity, especially when directed toward profit:

干事业:勤奋,有系统的活动,尤为以获得利益为目的:

Private enterprise is basic to capitalism

私营是资本主义的基础

Willingness to undertake new ventures; initiative:

进取心:愿意冒新的危险;进取的:

“Through want of enterprise and faith men are where they are, buying and selling, and spending their lives like serfs”(Henry David Thoreau)

“由于缺乏进取心和信仰,人类始终驻足不前,或买或卖,过着农奴般的生活”(亨利·戴维·索罗)

Middle English

中古英语

from Old French entreprise [from past participle of] entreprendre [to undertake]

源自 古法语 entreprise [] 源自entreprendre的过去分词 [承担]

entre- [between] from Latin inter- see inter-

entre- [在…中间] 源自 拉丁语 inter- 参见 inter-

prendre [to take] from Latin prendere see ghend-

prendre [取,拿] 源自 拉丁语 prendere 参见 ghend-

en“terpris”er

n(名词)

Enterprise

Enterprise

AHD:[µn“t…r-prºz”]

DJ[6ent7praiz]

KK[6Wnt+7pra!z]

NONE(无词性)

A city of southeast Alabama south-southeast of Montgomery It is a processing and manufacturing center Population, 20,123

恩特普赖斯:阿拉巴马东南一城市,位于蒙哥马利东南偏南,加工业和制造业中心。人口20,123

enterprise

[5entEpraiz]

n

(艰巨、复杂或冒险性的)工作, 事业; 企业; 事[企]业单位

进取心; 冒险精神, 胆识

事业心; 进取心

embark in [upon] an enterprise

举办企业

manage an enterprise

管理企业

the criminal enterprise

罪恶冒险行为

a man of enterprise

有事业进取心的人

a spirit of enterprise

进取精神

undertake [take on] an enterprise

创办事业

enterpriseless

adj

enterpriser

[`entEpraIzE(r)]

n

free enterprise

自由企业经济

私营企业

abortive enterprise

经营失败的新企业

associated enterprise

联营企业

autonomous enterprise

自主企业

contracting enterprise

承包企业

corporate enterprise

公司

export-centered enterprise

出口主导型企业

factory-farm enterprise

农工联合企业

gift enterprise

附送赠品的行业

government business enterprise

公有营业

government-sponsored enterprises

政府资助的企业

group enterprise

集体事业, 集体所有制企业

income-producing enterprise

盈利企业

individual enterprise

单个企业; 个体户企业

joint enterprise

合办企业

minor enterprise

中小企业

monopoly enterprise

垄断企业

multi-divisional enterprise

多部门经营企业

multinational enterprise

跨国公司

para-state enterprise

半国营企业

parent enterprise

母公司, 主干企业

paying enterprise

有收益的企业

pecuniary enterprise

不赔钱的企业

private enterprise

私人企业

productive enterprises

生产企业单位

profit-making enterprise

营利事业

public service enterprise

公用事业企业

quasi-corporate enterprises

准法人企业

short-term enterprise

生产周期短的企业

sizeable enterprise

大型企业

speculative enterprise

投机事业

state insurance enterprise

国营保险企业

state-private enterprise

公私合营企业

subsidiary enterprise

附属企业

transnational enterprise

跨国公司

unincorporated enterprises

非公司组织的企业

utility enterprise

公用事业企业

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