1)SDTM的变量分为如下几类:
标识符 (Identifier)变量:例如,用来标识研究本身、参与研究的受试者、域名以及记录序号等
主题 (Topic)变量:指明观测记录的主要目的(例如,某一实验室检测的名称)
时间 (Timing)变量:描述观测记录的时间(例如,开始时间和结束时间)
修饰语 (Qualifier)变量:包括用来进一步描述结果的说明性文字或者数值,或观测记录的更多特征(例如,单位或描述性形容词)
规则 (Rule)变量:在试验设计模型里,表达一种算法或可执行的方法,来定义其开始或结束,分流或循环等条件
2)其中修饰语变量可以分为:
分组修饰语 (Grouping Qualifiers) :对 同一域 中的数据分组。例如:--CAT 和 –SCAT
结果修饰语 (Result Qualifiers) :在 发现类 数据集中,用来描述与 主题变量相关 的特定的结果。它们回答了主题变量(Topic Variable)所要表达的问题。例如:ORRES,--STRESC和 –STRESN
同义词修饰语 (Synonym Qualifiers) :指定了观测记录中某一特定变量的其他可用名称。例如:--MODIFY和--DECOD是主题变量--TRT或--TERM的同义词修饰语,--TEST和--LOINC则是–TESTCD的同义词修饰语
记录修饰语 (Record Qualifiers) :从记录水平(而不是变量水平)定义某一观测的附加属性。例如:--REASND,--AESLIFE以及不良事件域(AE)中所有其他严重不良事件(SAE)的标识变量;人口统计学域(DM)中的AGE,SEX和RACE变量;发现类域中的--BLFL,- -POS,--LOC,--SPEC和–NAM
变量修饰语 (Variable Qualifiers):用来进一步修饰和描述某一观测的特定变量,只能结合它所修饰的变量使用才有意义。例如:--ORRESU,--ORNRHI和--ORNRLO都是--ORRES的变量修饰语; --DOSU是–DOSE的变量修饰语。 例如,对“受试者101在研究的第六天开始出现轻度恶心症状”这一观测记录,其主题变量值是不良事件术语“恶心”。标识符变量则是该受试者编号“101”。时间变量值是该不良事件出现时研究已开始的天数,“开始于研究第6天”。该事件严重程度可视为记录修饰语的示例,其值为“轻度”,其他时间和修饰变量可视情况加入,以提供必要的细节来对观测记录进行充分的描述。
标识符变量如 STUDYID,DOMAIN,USUBJID 各个域当中都是通用的且是req的,换句话说任何域(除了试验设计类)都包含这三个变量,且不能为空。需要注意的是类似于-LNKID,-LNKGRP,-GRPID 都是标识符变量,而同样是用于分类的-CAT,-SCAT则是修饰语。因为标识符变量的主要意义在于跨域的连接,故而标识符变量实际上首先是以连接键的身份存在的。
主题变量就目前的版本来看,每个数据集 只有一个 。且主题变量一定是req的,换句话说主题变量是 必须存在 的,且 不能为空 。
不同类型的主题变量命名有区别,对于特殊目的域来说需要分开讨论:
DM:SUBJID
SE:ETCD
SV:VISITNUM
SM:MIDS
CO:COVAL
对于干预类数据集来说,主题变量为-TRT。
对于事件类数据集来说,主题变量为-TERM。
对于发现类数据集来说,主题变量为-TESTCD。
这里需要提到的是,就 33 版IG来说,所有的 同义词修饰语 (Synonym Qualifiers)都是用来修饰主题变量的。 当然这是有例外的 :
第一 是 ISCAT,在 33 版IG中他是同义词修饰语,可毫无疑问这个变量不是修饰主题变量。然而-CAT这种变量,在其他所有的域当中都属于分组修饰语(Grouping Qualifiers) ,所以怀疑这是编辑错误。
第二 是同义词修饰语 ARM ,他是修饰 ARMCD 的。ARMCD 在DM中是一个记录修饰语,而非主题变量。但实际上在TA当中 ARMCD 是主题变量。这种情况还有很多,但我觉得这种例外不应该作为“例外”来看待。
在我看来 真正的例外 其实只有一个,就是DM里的 INVNAM 他是用来修饰 INVID (记录修饰语)的。
时间变量共有大概几类,总结起来是下面几个系列
1、DTC系列:—DTC,—STDTC,—ENDTC
2、DY系列:—DY,—STDY,—ENDY,—DUR
3、—TPTREF,—RFTDTC
4、TPT系列:—TPT,—TPTNUM,—ELTM,—STTPT,—ENTPT
5、RFTPT系列:—ENRTPT,—STRTPT,—TPTREF
6、RF系列:—ENRF,—STRF
7、VISIT系列:VISIT,VISITNUM,VISITDY
8、ELEMENT系列:EPOCH,TAETORD
修饰语是用来“修饰”的,换句话说他必须有修饰的对象。针对5种修饰语的修饰对象,可以分为三个级别,多观测级,观测级,变量级:
1、修饰若干观测的修饰语(多观测级):
指的是 分组修饰语 (Grouping Qualifiers) ,这类变量描述的是若干观测的共同属性,从而达到分类的目的。有时候可以把同属性的类别分成多个数据集。
2、修饰单个观测的修饰语(观测级):
指的是 记录修饰语 (Record Qualifiers) ,这类变量描述的是单个观测的属性。
3、 专门 修饰主题变量的修饰语(变量级):
指的是 结果修饰语 (Result Qualifiers) 还有 同义词修饰语 (Synonym Qualifiers) ,结果修饰语如其定义是为了回应 发现类主题变量 的问题,同义词修饰语在第三部分讲主题变量时已经解释过了,这里不再赘述。
4、修饰一般变量的修饰语(变量级)
指的是 变量修饰语 (Variable Qualifiers) ,变量修饰语可以修饰某个变量,包括记录修饰语,结果修饰语。需要注意的是,变量修饰语 也修饰 主题变量,例如:-PRESP ,用于描述主题变量是否可以从CRF上获取(换句话说这些信息是否为事先确定的)。另外在AE中描述编码的变量就是变量修饰语,该变量可能修饰的是主题变量 -TERM,不过也可能是修饰 -TERM 的其他“同义词修饰语”。
略
一般来说各类变量在每个域当中的排序为:
1、标识符
2、主题 (同义词修饰语,结果修饰语,变量修饰语跟在后面)
3、分组修饰语
4、记录修饰语(变量修饰语跟在后面)
5、时间
SDTM变量角色(ROLE)进阶之时间变量
SDTM变量角色(ROLE)进阶之修饰语
假设你的点坐标已如下格式
1000,2000
1001,3002
3000,6000
存到D盘的PDATATXT文件里,要插入的块也放在D盘如BLOCKDWG
可加载下列代码文件:
(defun
c:pin()
(setq
osm
(getvar
"osmode"))
(setvar
"osmode"
0)
(setq
lid
(open
"d:\\pdatatxt"
"r"))
(while
(setq
lind
(read-line
lid))
(setq
at
(pofs
lind
","))
(setq
y1
(atof
(substr
lind
(+
1
at))))
(setq
x1
(atof
(substr
lind
1
(-
at
1))))
(setq
p1
(list
x1
y1))
(command
"-insert"
"d:\\blockdwg"
p1
1
1
"0")
)
(
close
lid)
(setvar
"osmode"
osm)
(princ)
)
(DEFUN
PofS(Soutxt
subtxt
/
kk
TLEN
TPTXT
tnb
as)
(SETQ
TLEN
(STRLEN
Soutxt))
(SETQ
kk
1)
(SETQ
as
nil)
(SETQ
stn
(ascii
subtxt))
(WHILE
(<=
kk
TLEN)
(SETQ
TPTXT
(SUBSTR
Soutxt
kk
1))
(SETQ
tnb
(ascii
TPTXT))
(if
(=
stn
tnb)
(setq
as
kk))
(SETQ
kk
(+
1
kk))
)
(setq
as
as)
)
AE = Adverse Events,不良事件
不良事件可以简单理解为受试者发生的任何医学事件,不一定与试验用药有关系。
AETERM
AEBODSYS/AEBODSYSCD
AEDECOD/AEPTCD
AESOC/AESOCCD
AEHLGT/AEHLGTCD
AEHLT/AEHLTCD
AELLT/AELLTCD
AETERM是EDC收集的不良事件名称,那么在实际记录过程中,对于同样的不良事件,却可能有着不同的AETERM,所以使用MedDRA编码很有必要,在后续分析过程中,也是主要采用的编码后的AEBODSYS/AEDECOD进行不良事件的分析。
AESTDTC/AEENDTC/AEDUR
AE的开始结束日期时间,这类--DTC的变量都需要采用ISO8601的格式,在后续分析中判断TEAE时需要关注这两个变量,特别是AESTDTC,如果刚好和试验用药同一天,最好可以收集 Time,方便与试验用药的 Time 进行比较。
AEDUR是收集的AE发生的时间区间,并不是由开始结束日期时间衍生的,那么--DUR的这个规则也是适用于其他Domain的。
AEOUT
AE的转归,考虑到受试者权益的最大化,对不良事件的随访需要随访至事件达到改善稳定的结果。值参考Termnilogy即可。
AEREL
相关性,比较常见的是5种分类,肯定有关,可能有关,无法判断,可能无关,肯定无关。相关性的收集尽量不要缺失,后续分析种如果相关性缺失,会采取科学严谨的原则,以“相关”进行填补。
AESEV/AETOXGR
严重程度分为轻度,中度,重度
毒性等级分为1级,2级,3级,4级,5级
一般只会选择其中一个用于试验,这两个变量的收集同样尽量不要缺失,否则也会以更严谨的原则进行填补。
AESER
AESDTH/AESLIFE/AESHOSP/AESCONG/AESDISAB/AESMIE
严重不良事件,那么严重不良事件和重度的不良事件是完全不同的,SAE是有定义的,那么就按照定义来判断是否属于上面的哪一种SAE。而重度体现的是程度,可能SAE但是严重程度却是轻度。比如在国内医疗体制,为了报销的问题,选择住院进行治疗,但其实是无关紧要的小疾病,那么这条AE是SAE但是轻度的AE。SAE与肯定相关的AE也是完全不同的,比如受试者发生车祸意外身亡,那么这条AE是SAE但与用药无关(当然了精神类试验药物,也可能是有关的)。
AESPID/AEGRPID
说到AE的编号,首先提一下AE的记录规则,一般提倡AE发生了任何变化,比如相关性改变,严重程度改变,采取的措施改变,转归改变等等,就需要重新记录一条AE。那么在分析的时候,需要对AE发生的例次进行汇总。那么对于这样的连续的几条AE在汇总例次的时候应该计为1次。这个时候AE编号的运用显得尤为重要,将多条连续的AE的标记为一个GROUP,方便后续的分析。
AEPRESP
用于标记医学特别关注的不良事件,比如在前期探索性试验中发现了某些AE发生频率较高,会对这些感兴趣的AE提前标记在CRF中。
AEENRF
AEENRTPT/AEENTPT
这两组变量用于表示当AEENDTC缺失时,AE结束的大致区间。前者是和reference start date and reference end date作比较进行衍生,后者是两个变量配套使用的。
那这两组变量都是可以的,但是更推荐使用--ENRTPT/--ENTPT。因为前者是要求和RFSTDTC/RFENDTC作比较,那么对于未接受试验用药的受试者而言,无法衍生--STRF/--ENRF,索性都采取第二组变量更方便实用。
AETRTEM
这个变量大家可能会觉得奇怪,因为它不是SDTM IG中要求的变量,最终会被放到SUPPAE中,但不同的是,该变量是FDA validator rules中要求 "A treatment-emergent flag must be submitted",看到这段英文就知道,其实就是TEAE的flag
enterprise
[5entEpraiz]
n
企业, 事业, 计划, 事业心, 进取心, 干事业
enterprise
enterprise
AHD:[µn“t…r-prºz”]
DJ[6ent7praiz]
KK[6Wnt+7pra!z]
n(名词)
An undertaking, especially one of some scope, complication, and risk
事业:一项事业,尤其指一项雄心勃勃、复杂、且具危险性的事业
A business organization
企业:商业机构
Industrious, systematic activity, especially when directed toward profit:
干事业:勤奋,有系统的活动,尤为以获得利益为目的:
Private enterprise is basic to capitalism
私营是资本主义的基础
Willingness to undertake new ventures; initiative:
进取心:愿意冒新的危险;进取的:
“Through want of enterprise and faith men are where they are, buying and selling, and spending their lives like serfs”(Henry David Thoreau)
“由于缺乏进取心和信仰,人类始终驻足不前,或买或卖,过着农奴般的生活”(亨利·戴维·索罗)
Middle English
中古英语
from Old French entreprise [from past participle of] entreprendre [to undertake]
源自 古法语 entreprise [] 源自entreprendre的过去分词 [承担]
entre- [between] from Latin inter- see inter-
entre- [在…中间] 源自 拉丁语 inter- 参见 inter-
prendre [to take] from Latin prendere see ghend-
prendre [取,拿] 源自 拉丁语 prendere 参见 ghend-
en“terpris”er
n(名词)
Enterprise
Enterprise
AHD:[µn“t…r-prºz”]
DJ[6ent7praiz]
KK[6Wnt+7pra!z]
NONE(无词性)
A city of southeast Alabama south-southeast of Montgomery It is a processing and manufacturing center Population, 20,123
恩特普赖斯:阿拉巴马东南一城市,位于蒙哥马利东南偏南,加工业和制造业中心。人口20,123
enterprise
[5entEpraiz]
n
(艰巨、复杂或冒险性的)工作, 事业; 企业; 事[企]业单位
进取心; 冒险精神, 胆识
事业心; 进取心
embark in [upon] an enterprise
举办企业
manage an enterprise
管理企业
the criminal enterprise
罪恶冒险行为
a man of enterprise
有事业进取心的人
a spirit of enterprise
进取精神
undertake [take on] an enterprise
创办事业
enterpriseless
adj
enterpriser
[`entEpraIzE(r)]
n
free enterprise
自由企业经济
私营企业
abortive enterprise
经营失败的新企业
associated enterprise
联营企业
autonomous enterprise
自主企业
contracting enterprise
承包企业
corporate enterprise
公司
export-centered enterprise
出口主导型企业
factory-farm enterprise
农工联合企业
gift enterprise
附送赠品的行业
government business enterprise
公有营业
government-sponsored enterprises
政府资助的企业
group enterprise
集体事业, 集体所有制企业
income-producing enterprise
盈利企业
individual enterprise
单个企业; 个体户企业
joint enterprise
合办企业
minor enterprise
中小企业
monopoly enterprise
垄断企业
multi-divisional enterprise
多部门经营企业
multinational enterprise
跨国公司
para-state enterprise
半国营企业
parent enterprise
母公司, 主干企业
paying enterprise
有收益的企业
pecuniary enterprise
不赔钱的企业
private enterprise
私人企业
productive enterprises
生产企业单位
profit-making enterprise
营利事业
public service enterprise
公用事业企业
quasi-corporate enterprises
准法人企业
short-term enterprise
生产周期短的企业
sizeable enterprise
大型企业
speculative enterprise
投机事业
state insurance enterprise
国营保险企业
state-private enterprise
公私合营企业
subsidiary enterprise
附属企业
transnational enterprise
跨国公司
unincorporated enterprises
非公司组织的企业
utility enterprise
公用事业企业
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