随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复。　　黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工藤新一独自前往营救的暗示。在黑暗组织