新&兰：
001 云霄飞车杀人事件（初登场）
010 足球选手恐吓事件 （照片、想像&投影）
048 外交官杀人事件(前篇) （回忆）
049 外交官杀人事件(后篇) （喝白干变大）
162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰睡梦中回忆的）
191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的）
192 危命的复活～新一回来了（药效没过）
193 危命的复活～约定的场所（药效没过，但结尾就过了）
196 看不见的凶器 小兰的初次推理 （兰的想象）
219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 （回忆）
228-暗藏杀机的陶艺教室 (前篇)（兰的想象）
286 工藤新一NY事件(事件篇) （回忆）
287 工藤新一NY事件(推理篇) （回忆）
288 工藤新一NY事件(解决篇) （回忆）
345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（平次假扮&回忆）
400 心存疑惑的兰(回忆&远影）
472 少年工藤新一的冒险(前篇)
473 少年工藤新一的冒险 (后篇)
490 工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（中学时候，推理部分最好看）
508卡拉OK厅的死角(后篇)（回答瑛佑的问题：想要和兰表白……的时候远影）
521 杀人犯、工藤新一（以其身份登场的是个整容的犯人，真人开始是柯南，之后化妆成死罗神）
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
特别企划：
鲁邦三世VS名侦探柯南（兰的幻想）
剧场版（几乎都是新兰感情戏）：
1997 引爆摩天楼 （远影）
1998 第十四个目标 （远影&回忆）
1999 世纪末的魔术师 （错觉&假扮）
2000 瞳孔中的暗杀者 （照片、远影&回忆）
2001 通往天国的倒数计时 （远影）
2002 贝克街的亡灵 （兰的回忆）
2003 迷宫的十字路 （回忆&变回来的&远影）
2004 银翼的魔术师 （假扮&远影）
2005 水平线上的阴谋 （回忆&远影）
2006 侦探们的镇魂歌 （回忆&远影）
2007 绀碧之棺 （兰的回忆）
2008 战栗的乐谱 （兰的回忆）
2009 漆黑的追迹者
剧场特典：
剧场版12特典：工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
剧场版13特典：新兰·麻将牌与七夕的回忆
OVA：
OVA1－柯南vs基德vs铁剑 （柯南梦中喝酒后变大）
OVA9—十年后的陌生人
灰原哀变大的是哪一集
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
灰原哀和新一在一起的是哪几集
191 危命的复活～黑衣骑士
192 危命的复活～新一回来了
193 危命的复活～约定的场所
柯&哀：
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
130 竞技场无差别胁迫事件（前篇）
131 竞技场无差别胁迫事件（后篇）
135 消失的凶器搜索事件
136 青色古堡探索事件（前篇）
137 青色古堡探索事件（后篇）
138 最后上映的杀人事件（前篇）
139 最后上映的杀人事件（后篇）
140 SOS！步美传达的讯息
146 本厅刑事恋爱物语（前篇）
156 本厅刑事恋爱物语2（前篇）
157 本厅刑事恋爱物语2（后篇）
165 少年侦探团消失事件（柯南的想象中）
174 二十年后的杀机 圣佛尼号连续杀人事件（一个镜头）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
182 九道门大搜索
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
194 意味深长的八音盒（前篇）
205 本厅刑事恋爱物语3（前篇）
206 本厅刑事恋爱物语3（后篇）
212 蘑菇、熊和侦探队（前篇）
213 蘑菇、熊和侦探队（后篇）
223 人鱼又再度哭泣（推理篇）（浮想的一个镜头中）
225 生意兴隆的秘密
230 谜一样的乘客（前篇）
231 谜一样的乘客（后篇）
233 无法消失的证据（前篇）
234 无法消失的证据（后篇）
242 元太少年的灾难
246 陷入网中的谜团（前篇）
247 陷入网中的谜团（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
266 情人节的真相（事件篇）
269 犯罪的纪念品（前篇）
270 犯罪的纪念品（后篇）
276 警察手册遗失事件
277 英语教师VS西部名侦探（前篇）
279 迷宫的阴暗（前篇）
280 迷宫的阴暗（后篇）
289 迷途森林的光彦（前篇）
290 迷途森林的光彦（后篇）
294 爱与决心的粉碎（前篇）
295 爱与决心的粉碎（后篇）
301 恶意与圣者的行进（前篇）
302 恶意与圣者的行进（后篇）
304 震动的警视厅 1200万人质
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
312 染上夕阳的布偶（前篇）
313 染上夕阳的布偶（后篇）
329 被挑拨的友情（前篇）
330 被挑拨的友情（后篇）
335 东都显影所的秘密（前篇）
336 东都显影所的秘密（后篇）
338 4台保时捷（前篇）
339 4台保时捷（后篇）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
345 与黑暗组织直面对决!满月之夜的二元神秘事件
346 寻找P股上的印记（前篇）
347 寻找P股上的印记（后篇）
348 爱与幽灵与地球遗产（前篇）
349 爱与幽灵与地球遗产（后篇）
358 本厅刑事恋爱故事5（前篇）
359 本厅刑事恋爱故事5（后篇）
361 帝丹高中学校怪谈（前篇）（出现在柯南回忆里）
366 显而易见的码头惨剧 （前篇）
367 显而易见的码头惨剧 （后篇）
373 巨毒蜘蛛的陷阱
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）
376 限时15时
390 本厅的刑事恋物语6（前篇）
391 本厅的刑事恋物语6（后篇）
394 怪屋大冒险（封印篇）
395 怪屋大冒险（操纵篇）
396 怪屋大冒险（解决篇）
398 奇妙一家的委托（前篇）（一个镜头）
401 宝石抢匪现行犯（前篇）
402 宝石抢匪现行犯（后篇）
403 不可思议的天使之馆（前篇）
404 不可思议的天使之馆（后篇）
411 神社鸟居之惊悚暗号（前篇）
412 神社鸟居之惊悚暗号（后篇）
414 追逐蓝色小鸟的少年侦探团
418 米花町阁楼的房屋
421 银杏色的初恋（前篇）
422 银杏色的初恋（后篇）
423 侦探团与青虫4兄弟
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间 （特别篇）
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
435 以侦探团为焦点的专访（前篇）
436 以侦探团为焦点的专访（后篇）
443 叹气拾潮（前篇）
444 叹气拾潮（后篇）
453 因缘与友情的试映会
454 颠倒的结尾（前篇）
455 颠倒的结尾（后篇）
460 1年B班大作战
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
468 池塘边的奇怪事件
472 少年工藤新一的冒险（前篇）
473 少年工藤新一的冒险（后篇）
476 元太的必杀射门（前篇）
477 元太的必杀射门（后篇）
478 真实的30分钟
481 山姥的刀（前篇）
482 山姥的刀（后篇）
483 消失的巡警
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
486 从左到右的招财猫
488 电视台的恶魔
492 红与黑的碰撞 血缘
495 红与黑的碰撞 昏睡
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 KTV包房的死角（前篇）
509 红白**与侦探团
510 柯南vsW暗号推理
511 推理对决！新一VS冲矢昴
515 怪盗基德的瞬间移动魔术（特别篇）
518 明治维新神秘之旅（探索篇）
519 明治维新神秘之旅（解决篇）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
524 憎恶是青色的火花（前篇）
525 憎恶是青色的火花（后篇）
剧场版的出场
03 世纪末的魔术师
04 瞳孔中的暗杀者
05 通往天国的倒计时
06 贝克街的亡灵
07 迷宫的十字路口
08 银翼的魔术师
09 水平线上的阴谋
10 侦探们的镇魂歌
11 绀碧之棺
12 战栗的乐谱
13 漆黑的追踪者（2009年4月日本上映）
OVA版的出场
OVA1 Conan vs KID vs Yaiba 宝刀争夺大作战（只有一个镜头）
OVA2 16名嫌疑犯
OVA5 目标是小五郎！！少年侦探团的秘密调查
OVA7 来自阿笠的挑战
OVA8 女子高中生侦探 铃木园子的事件簿
OVA特辑：追寻迷一样的水星怪兽
1．云霄飞车杀人事件 黑衣组织出现
76．柯南对怪盗基德 怪盗基德出现
128．黑衣组织10亿元抢劫事件 黑衣组织出现
129．来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 黑衣组织出现
132．魔术爱好者杀人事件（事件篇） 基德出现 但是伪装了
133．魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） 基德出现 但是伪装了
134．魔术爱好者杀人事件（解决篇） 基德出现 但是伪装了
176．与黑暗组织的再会（灰原篇） 黑衣组织出现
177．与黑暗组织的再会（柯南篇） 黑衣组织出现
178．与黑暗组织的再会（解决篇） 黑衣组织出现
219．被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德 基德出现
226．格斗游戏的陷阱（前篇） FBI出现
227．格斗游戏的陷阱（后篇） FBI出现
230．神秘的乘客（前篇） 黑衣组织（新出医生，贝尔摩德假扮）FBI（朱蒂，秀一）
231．神秘的乘客（后篇） 同上
254．总局刑警恋爱物语4（后篇） FBI出现
258．来自芝加哥的男子（前篇） FBI出现
259．来自芝加哥的男子（后篇） FBI出现
267．情人节的真相（推理篇） FBI出现
270．犯罪的纪念品（后篇） FBI出现
271．情急之下的应变之道（前篇） FBI出现
272．情急之下的应变之道（后篇） 黑衣组织，FBI出现
274．幽灵屋的真相（前篇） 黑衣组织出现
277．英语教师VS西部名侦探（前篇）FBI（朱蒂出现）
278．英语教师VS西部名侦探（后篇） FBI
284．中华街的雨中幻影（前篇） FBI（秀一 小兰的幻影）
288．工藤新一纽约事件（解决篇） 黑衣组织(温莎，也就是贝尔摩德出现)，FBI（秀一出现）
289．光彦森林迷失记（前篇）黑衣组织出现（原来那杀人犯也是。。）
290．光彦森林迷失记（后篇） 黑衣组织出现 同上
307．残留下来的无声证言（前篇）黑衣组织出现
308．残留下来的无声证言（后篇）黑衣组织，FBI出现
309．接触黑色组织（交涉篇） 黑衣组织，FBI出现
310．接触黑色组织（追踪篇） 黑衣组织出现
311．接触黑色组织（决死篇） 黑衣组织，FBI出现
335．东都现象所的秘密（前篇） FBI出现 （秀一在跟踪）
336．东都现象所的秘密（后篇） FBI出现 同上
338．四辆保时捷（前篇） FBI出现（秀一跟踪）
339．四辆保时捷（后篇） FBI出现，黑衣组织出现
340．隐藏在厕所中的秘密（前篇） 黑衣组织出现
341．隐藏在厕所中的秘密（后篇） 黑衣组织出现
343．便利商店的陷阱（前篇）FBI出现
344．便利商店的陷阱（后篇）FBI出现
345．与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★ FBI出现 黑衣组织出现 这集值得一看
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 赤井秀一殉职
509 红白**与侦探团冲矢昴作为嫌疑人初出场，灰原感到组织气息
510 柯南vsW暗号之谜冲矢昴因为提及福尔摩斯而让柯南感到似乎很兴奋、很信任他
511 推理对决！新一VS冲矢昴
同步推理，冲矢昴的微笑意味深长/片尾曲后在新一家看电视喝着波本酒
542 让鱼儿消失的一角岩（前篇）哀觉得冲矢昴可疑，体现推理能力
543 让鱼儿消失的一角岩（后篇）灰原再次感到压迫感，冲矢昴和柯南一起推理出凶手
563 侦探团VS强盗团（骚乱）波本假扮成赤井 试探其他人反应
564 侦探团VS强盗团（沉默）波本假扮的伤疤赤井在关键时刻救了柯南
578 召唤危机的红色前兆冲矢昴出现在FBI之后
579 黑与13的暗示 冲矢昴和伤疤男同时出现，动作可疑
580 逼近的黑色时刻
581 红色的摇摆目标 冲矢昴开头和结尾的话意味深长 伤疤赤井对狙击手挑衅微笑
616 -621福尔摩斯的默示录系列 柯南复原 向小兰在伦敦告白
623 紧急事态252（后篇）冲矢昴监视博士家，用追踪眼镜找到柯南一行并最后击倒歹徒，身手不凡
646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）初登场
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）世良真纯举止可疑 可能故意推理出错 观察柯南举动
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决世良真纯提到母亲 且极有可能小兰也认识
656 博士的视频网站（前篇）冲矢昴被世良真纯“看到”后说她“杞人忧天”了；监视博士家，发现柯南一行人的举动后，跟踪柯南一行人，在发现劫匪的踪迹后放弃跟踪
657 博士的视频网站（后篇）表现出世良对灰原的兴趣很浓厚 曾暗中调查并试图接近灰原
————————————————————
以上就是截止目前为止的TV版主线了（黑衣组织系列）
更多精彩的主线仍是漫画 未制作成动画 所以主线人物之一——波本/安室透还未在动画中登场（OP43除外）
PS安室透会在667 668登场
667 结婚前夜（前篇）（2012年9月1日播出）
668 结婚前夜（后篇）（2012年9月8日播出）
1、(1) 云霄飞车杀人事件
54、(56) 电玩公司杀人事件
118、(124~125)浪花连续杀人事件
128、(135)黑衣组织十亿元抢劫事件、(部分情节为动画原创)
129、(136~139)来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
176、(190)与黑衣组织的再会、(灰原篇)
177、(191)与黑衣组织的再会、(柯南篇)
178、(192)与黑衣组织的再会、(解决篇)
230、(249)神秘的乘客、(前篇)
231、(250)神秘的乘客、(后篇)
271、(293)急忙掩饰的忽略、(前篇)
272、(294)急忙掩饰的忽略、(后篇)
286、(308)工藤新一纽约事件、(事件篇)
288、(310)工藤新一纽约事件、(解决篇)
289、(311)光彦森林迷失记、(前篇)
290、(312)光彦森林迷失记、(后篇)
307、(332)遗留的无声证言、(前篇)
308、(333)遗留的无声证言、(后篇)
309、(334)与黑衣组织的接触、(交涉篇)
310、(335)与黑衣组织的接触、(追迹篇)
311、(336)与黑衣组织的接触、(决死篇)
338、(363)四辆保时捷、(前篇)
339、(364)四辆保时捷、(后篇)
340、(365)厕所里隐藏的秘密、(前篇)
341、(366)厕所里隐藏的秘密、(后篇)
345、(371~375)与黑衣组织的直面对决 满月之夜的双重谜案
425、(459~463)黑暗冲击!黑衣组织的魔爪伸来的瞬间
462、(502)黑衣组织的影子 年幼的目击者
463、(503)黑衣组织的影子 奇妙的照明
464、(504)黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465、(505)黑衣组织的影子 珍珠的流星
484、(527)黑色照片的去向、(前篇)
485、(528)黑色照片的去向、(后篇)
491、(538)红与黑的碰撞 开端
492、(539)红与黑的碰撞 血缘
493、(540)红与黑的碰撞 绝叫
494、(541)红与黑的碰撞 冥土
495、(542)红与黑的碰撞 昏睡
496、(543)红与黑的碰撞 侵入
497、(544)红与黑的碰撞 觉醒
498、(545)红与黑的碰撞 搅乱
499、(546)红与黑的碰撞 伪装
500、(547)红与黑的碰撞 遗言
501、(548)红与黑的碰撞 嫌疑
502、(549)红与黑的碰撞 洁白
503、(550)红与黑的碰撞 决死
504、(551)红与黑的碰撞 殉职
563、(614)侦探团VS强盗团、(骚动)
564、(615)侦探团VS强盗团、(沉默)
578、(629)召唤危机的红色前兆
579、(630)黑与13的暗示
580、(631)逼近的黑色时刻
581、(632)红色的摇摆目标
667、(719)婚礼前夜、(前篇)
668、(720)婚礼前夜、(后篇)
671、(723)侦探们的夜想曲、(案件)
672、(724)侦探们的夜想曲、(绑架)
673、(725)侦探们的夜想曲、(推理)
674、(726)侦探们的夜想曲、(波本)
681、(733)以性命为赌注的恋爱转播、(转播开始)
683、(735)以性命为赌注的恋爱转播、(现场突入)
699、(751)逼近灰原秘密的黑影、(前篇)
700、(752)逼近灰原秘密的黑影、(后篇)
701、(753)漆黑的特快列车、(发车)
702、(754)漆黑的特快列车、(隧道)
703、(755)漆黑的特快列车、(交叉)
704、(756)漆黑的特快列车、(终点)
705、(757)密室中的柯南
706、(758)解谜的波本
722、(774)香甜冰凉的快递、(前篇)
723、(775)香甜冰凉的快递、(后篇)
734、(786~787)茱蒂的追忆与赏花的陷阱
739、(792)小五郎在酒吧里、(后篇)
740、(793)小兰也倒在浴室里了、(前篇)
770、(823)气氛僵硬的茶会、(前篇)
771、(824)气氛僵硬的茶会、(后篇)
779、(832)绯色的序章
780、(833)绯色的追寻
781、(834)绯色的交错
782、(835)绯色的回归
783、(836)绯色的真相
813、(868) 悄悄靠近安室的黑影
836、(891) 关系不好的女子乐队、(前篇)
837、(892) 关系不好的女子乐队、(后篇)
扩展资料：
名侦探柯南
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了。
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