siesta使用笔记

# Species and atoms

SystemName　　siesta

SystemLabel  siesta

NumberOfSpecies        4

NumberOfAtoms        144

%block Chemical_Species_Label

1 6 Cvw

2 1 Hvw

3 7 Nvw

4 8 Ovw

%endblock Chemical_Species_Label

###################  RunInfo  ###################

MDTypeOfRun   CG  # CG for optimize

#Verlet Standard Verlet algorithm MD

MDVariableCell  true #

MDRelaxCellOnly  true

MDTargetStress  0 GPa

MDNumCGsteps    2000

MDMaxCGDispl    01 Ang

MDMaxForceTol    003 eV/Ang

MDUseSaveXV      F

PAOEnergyShift  100 meV

################### FUNCTIONAL ###################

XCfunctional        VDW    # Exchange-correlation functional type

XCAuthors          DRSLL  # Particular parametrization of xc func

MeshCutoff      200 Ry # Equivalent planewave cutoff for the grid

KgridCutoff    1242012501 Ang

###################  GEOMETRY  ###################

LatticeConstant      100 Ang

%block LatticeVectors

1054081969      000000000      314676252

000000000    1562399983      000000000

000000000      000000000    1662312513

%endblock LatticeVectors

KgridCutoff    1100049973 Ang

AtomicCoordinatesFormat Ang

非常有价值的讨论

http://muchongcom/html/201005/2018630html

Siesta计算对体系的轨道展开基的要求比较高（PAOBasis），可能还需要自己来调整轨道展开基，而不是用他给出的那个设置选项。

而且如果你的体系稍大%block Kgrid_Monkhorst_Pack 中采用111 00的k点计算可能积分的精确度不够高，采用更多的K点如444 05之类的也许会好一些。

DMMixingWeight       002  这一项在计算中应选的比较高，这一项是进行计算前后电子密度混合的参数，对收敛的速度具有很大影响，建议调的高一点，最大值是1，我有时调到04-05，当然体系不同这里数值也不同，我的经验是调的高了，收敛性要好一点。

PAOEnergyShift      200 meV太大了，导致了轨道比较局域，相当于使得基组小了，或者更加不完备了。我把这个数调节到100的时候算出来的二面角已经和高斯的6-31G算出来的差不多了，高斯的结果是132，siesta算出来的已经是134了。当然还距6-31++G的120差距比较大，但是起码我应该确信我的赝势是没什么问题了。再说用这样水平的精度算出来的结果还是有一定的参考价值的。

第二个问题:我做优化的时候采用的是孤立体系的优化，不是周期体系，所以不用设置K点，用111的Gamma点足够了。如果设置多余的K点也是多余的，从计算上来讲仅仅是重复计算。但是要是做的是周期体系的计算的话，必须设置K点，当然原则上K点越多，计算结果越好，但是我们追求的是怎么用尽量少的K点算出比较高精度的结果，这时候要做K点收敛测试了。

第三个问题：我当时采用的是别人设置的 DMMixingWeight       002  这个是在输运体系中设置的。我当时不明白这个选项的含义和作用，所以就没有改。后来发现将这个改为默认值025后，对孤立分子体系每个几何结构需要的scf数量有明显变化。明显加快了收敛的速度。并且原来需要上百的step才能达到的几何最优点，现在只需要几十步就搞定了。使得几何结构的优化非常快。原来一天才能完成的，现在不到一个小时完成了。但是要是体系里有大量金属原子的话，025的值好像不是很有利于收敛，并且出现反复徘徊的情况。但是设置为002后虽然SCF的数量加大了。但是每一步都很稳定的走向收敛趋势。看来这个值还要依据体系的不同而设置不同的数值。现在我也是在总结这个经验，还没有得出自己的结论。

但是那天与老师讨论 DMMixingWeight 如果设置太小，尤其是到了快自洽的位置会出现假收敛，相当于使得SCF收敛精度降低。导致需要跟多了step了，但是不管怎么样。只要达到了受力的收敛，结果都是一样的。因为SCF的收敛是一个相对的标准。而结合结构优化的受力收敛标准是一个绝对的标准。

　　据《玉篇午部》:“午,交也。”十二时辰中的午时,正是一个前后相交的时段,在此之前称上午,在此之后称下午,12时左右便称中午、正午。这“中”“正” 二字,正说明了其时是一个中点。同样,半夜也是一个中点,由此分出了上半夜和下半夜，所以半夜又可称为“午夜”。宋高似孙《纬略·五夜》另持一说:“所谓午夜者,为半夜时如日之午也。”半日称“午”, 半夜也称“午”

　　目录

　　基本信息

　　午-字体

　　汉字释义

　　午的英文翻译

　　常用词组

　　相关词语

　　方言集汇

　　字源字形

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　　基本信息

　　据《玉篇午部》:“午,交也。”十二时辰中的午时,正是一个前后相交的时段,在此之前称上午,在此之后称下午,12时左右便称中午、正午。这“中”“正” 二字,正说明了其时是一个中点。同样,半夜也是一个中点,由此分出了上半夜和下半夜，所以半夜又可称为“午夜”。宋高似孙《纬略·五夜》另持一说:“所谓午夜者,为半夜时如日之午也。”半日称“午”, 半夜也称“午”

　　拼音：wǔ

　　注音：ㄨˇ 毛笔书法

　　部首：十

　　笔画数：4

　　五笔：tfj

　　笔顺编号：3112 [1]

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　　午-字体

　　午

　　wǔ

　　(1) ㄨˇ

　　(2) 地支的第七位，属马。 宋体“午”字

　　(3) 用于计时：～时（白天十一点到一点）。～间。～饭。～睡。～休。～夜（半夜、子夜）。

　　(4) 古同“忤”、“迕”，逆，背。

　　(5) 郑码：MAED，U：5348，GBK：CEE7

　　(6) 笔画数：4，部首：十，笔顺编号：3112

　　详细注解

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　　汉字释义

　　基本解释

　　1、地支的第七位，属马。

　　2、用于计时：午时（白天十一点到一点）。午间。午饭。午睡。午休。午夜（半夜、子夜）。

　　3、古同“忤”、“迕”，逆，背。

　　详细解释

　　名

　　（1） 象形。本义：御马索。

　　（2） 同本义 。

　　[甲骨文“午”字]疑当是索形,殆驭马之辔也。——郭沫若《甲骨文字研究》

　　（3） 地支的第七位。

　　（4） 与天干相配,用以纪年。

　　太岁在午曰敦羊。——《尔雅》

　　（5） 用以纪月。即农历五月。

　　午,五月阴气午逆阳,冒地而出。——《说文》

　　（6） 用以纪日。

　　庚午之日,日始有谪。——《左传》

　　（7） 用以纪时,即十一时至十三时；正午,白天十二时 。

　　午战于彼。——《左传·僖公三十二年》

　　时已过午。——《徐霞客游记·游黄山记》

　　过午已昏。——明· 归有光《项脊轩志》

　　（8） 又如：午枕（午睡）；午牌（午时）；午晌（晌午）；午炮（正午的号炮）；午火（正午烈日）；午天（中午）；午斋（中午的斋食）；午暑（中午的暑气）；午漏（午时滴漏）；午际（午初）；午上（中午前）；午潮（正午的潮水）；午茶（午饭后的茶水）

　　（9） 十二肖属马,因亦为马的代称 。如：午日三公（马）

　　（10） 干支逢五日午。亦特指五月初五 。如：端午；重午；午月（五月）；午节（端五节）。

　　（11） 古人以十二支配方位,午为正南,因以为南方的代称 。如：午上（南方的上空）。

　　形

　　（1） 纵横相交。

　　度尺而午。——《仪礼》。郑玄注：“一纵一横曰午。”

　　（2） 又如：午午（交错杂沓的样子）；午道（纵横交贯的要道）；午贯（十字形交叉贯穿）；午割（交叉切割）。

　　动

　　（1） 通“仵”。违反。

　　午其众以伐有道,求得当欲,不以其所。——《礼记·哀公问》

　　朝臣舛午。——《汉书·刘向传》

　　（2） 通“迕”。抵触,相遇。

　　视可午其军、取其将…若是则为利者不攻也。——《荀子·富国》

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　　午的英文翻译

　　1、noon

　　2、the seventh of the twelve Earthly Branches used by the ancients to denote years, months, or days in combination with the ten Heavenly Branches

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　　常用词组

　　午安

　　wǔ’ān

　　good-afternoon 午后相见或分别时的礼貌用语

　　午餐

　　wǔcān

　　lunch;midday meal 中午饭

　　午饭

　　wǔfàn

　　lunch;midday meal 中午用的饭

　　午后

　　wǔhòu

　　in the afternoon 下午

　　午后攻城。——《广东军务记》

　　午后方熄。

　　午后又开西门。

　　午间

　　wǔjiān

　　at noon 中午时分

　　午觉

　　wǔjiào

　　afternoon nap 中午睡眠,一般时间较短

　　没时间睡午觉

　　午门

　　wǔmén

　　front gate 宫城的正门

　　午门会审

　　午前

　　wǔqián

　　in the morning;befor noon;forenoon 上午

　　午时

　　wǔshí

　　the period of the day from 11 amto 1 pm 指上午十一点至下午一点,为旧式计时法

　　午睡

　　wǔshuì

　　siesta;afternoon nap;noontime snooze 午觉

　　午休

　　wǔxiū

　　noon break;mid-day rest 午间的休息,一般指午饭后的休息时间

　　午宴

　　wǔyàn

　　feast at noon;luncheon 指在中午时分举行的宴会

　　午夜

　　wǔyè

　　midnight 指夜里十二点钟前后;半夜

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　　相关词语

　　子午道 子午谷 子午面 子午花 子午仪 子午痧

　　子午莲 子午线 转午 午刻 子午 卓午

　　重午 中日甲午战争 中午 乍午 正午 月午

　　逾午 映午 夜午 歇午 小晌午 饷午

　　向午 午饭 午餐 午安 午错 午火

　　午梵 午际 午间 午后 午达 午初

　　午茶 午漏 午门 午讲 午朝 午割

　　午尘 午灵 午供 午道 午朝门 午盹

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　　方言集汇

　　（1）粤语：ng5 。在广东话里意思跟“无”同音。一般的意思可以理解为没有，没的意思。　（2）客家话：[沙头角腔]ng3、[东莞腔]ng3、[梅县腔]ng3、[宝安腔]ng3、[客英字典]ng3、[台湾四县腔]ng3、[客语拼音字汇]ng3、[陆丰腔]ng3、[海陆丰腔]ng3。同“母”的读音。

　　（3）潮州话：ngou2。

其实最主要该干什么时候干什么！就是说，该休息时候就好好休息，该学习的时候好好学习，千万别本末倒置。

说实在，课堂效率最重要了！首作息要规律，养成生物钟。不要经常熬夜，也不要经常为了学习而放弃必要的消遣。中午时候最好能保证30——40分钟的午睡时间，这样对提高下午的课堂效率效果是很大的！

我以前都是6点10分起床，无论春夏秋冬，晚上9点半之前肯定睡了。中午再睡半小时。课间，很多同学总是聊天要么趴在桌上休息，我就是利用这点点时间，努力做作业，因为我一点也不困，精神好的很！平时就是按时完成作业，回家么预习预习，看看电视。临考试了，就要长点心思，一定要复习到位，要提前几天就开始看。我那时候成绩还不错，高中没考，被保送的。

像历史这类的东西，只要背背就好的。数学么，也没办法了，除了努力还得看天赋，英语和语文都是要靠平时积累的。

说的其实都挺虚的，不过，有时候真的照做了，每天这么多看看，成绩真的会上去的。